Los Bautistas no practicamos ni creemos en una jerarquía monárquica y despótica, ni creemos en el dominio y gobierno absoluto de un sólo hombre, como otras confesiones de fe. La forma jerárquica presupone la ignorancia de los miembros constituyentes y presume que no son capaces de gobernarse a sí mismos; pero el gobierno congregacional presupone inteligencia de parte de los miembros constituyentes.
El gobierno congregacional es el principio bautista por el cual se afirma que la congregación local tiene la máxima autoridad y poder de decisión, sin depender de otra Iglesia, grupo de Iglesias, o persona alguna, para regir su destino. Esta, en sí, es la oportunidad que tiene la comunidad de creyentes, para que sus miembros tengan derecho a la participación plena en la toma de decisiones en asuntos eclesiásticos, bajo la dirección del señorío de Jesucristo y según el modelo del Nuevo Testamento. La Iglesia, sobre su autonomía, decide sobre los asuntos trascendentes y no trascendentes, sintiendo que Jesucristo es la cabeza, las Escrituras, la orientación y el Espíritu Santo su guía, el cual le ha de llevar a toda verdad. (Hechos 6:1-7; 1ª Pedro 2:9; Efesios 1:22, 4:15).
Gobierno de la iglesia
Cristo es la única cabeza de la iglesia, y los primeros bautistas lucharon seriamente por lo que llamaron «derechos dinásticos del Redentor». La iglesia local es autónoma, principio de gobierno que se describe a veces como «el orden congregacional de las iglesias». Los bautistas creen en la competencia de la comunidad local para gobernar sus propios asuntos, y debido a la importancia teológica de la iglesia local. A diferencia de otros sistemas de gobierno de la iglesia, los bautistas no se refieren a la denominación como «la iglesia Bautista», sino como «las iglesias Bautistas» en un área dada. El orden congregacional de las iglesias, es decir, el gobierno de la iglesia a través de la congregación local no debe equipararse con el concepto humanístico de democracia. Democracia es una palabra demasiado modesta y pequeña para eso.
La postura Bautista es que la iglesia debe ser gobernada no por una orden sacerdotal ni a través de congregaciones más altas o centrales, sino mediante la voz del Espíritu Santo en los corazones de los miembros en cada asamblea local. Mientras que en un gobierno eclesial estrictamente democrático habría un gobierno de la iglesia por la iglesia, la posición Bautista reconoce el gobierno de Cristo en la iglesia a través de la iglesia. De la igualdad de estatus de cada miembro de la iglesia, y el reconocimiento de la diversidad de dones, se siguen dos cosas: primero que nada, se reconoce que cada miembro tiene un derecho y un deber en el gobierno de la iglesia local; y en segundo lugar, que la iglesia acepta de buen grado la conducción de sus líderes elegidos.
Las iglesias bautistas se consideran generalmente independientes en su gobierno, pero no se glorían de la independencia en sí misma. La independencia de una iglesia bautista es en relación con el control estatal, y los bautistas del siglo XVII en Inglaterra estaban en la primera fila de los que lucharon por esta libertad. Los bautistas han reconocido siempre el gran valor de la asociación entre las iglesias, y las asociaciones de iglesias bautistas han sido características de la vida bautista durante siglos. Toda asociación es voluntaria sin menoscabar la independencia del gobierno congregacional. Por ejemplo, el hecho de pertenecer a la Convención Bautista de Nicaragua (CBN), no significa que esa Institución esté sobre las decisiones de la iglesia local; tampoco se debe incurrir en el error de suponer que la Unión Bautista o la Alianza Bautista Mundial son coextensivas de la comunidad bautista.